头牛可能就是打开局面的第一把钥匙。他温言对依旧跪在地上的老农说：“老丈请起。你这头牛，于国于民，或许立下了大功。朝廷言出必行，赏银务必收下。此外，本官再私人赠你一些银钱，另寻一头好牛犊，弥补你的损失！”他当即命人将牛小心地牵往隔离区，并当场兑现了丰厚的赏银。

此事一经传开，全城震动。原本观望的人们看到了真金白银，也看到了朝廷并非虚言，更看到了那位年轻的太医院使亲力亲为、言出必践的态度。重赏之下，必有勇夫，加之对瘟疫南下的恐惧日益加深，越来越多的人开始行动起来。接下来的日子里，征集点变得门庭若市，形形色色的人怀着不同的目的汇聚于此。

有穿着青衫的年轻书生，提着一个小小的竹编笼子，里面装着几只肚皮肿胀、死状怪异的黑鼠，他声称是在自家书斋墙角发现的，一夜之间全死了，觉得蹊跷，便壮着胆子提来了。

有精明的商人，指挥伙计运来一车病恹恹、咳嗽不止的猪崽，坦言是在从北边贩运途中发现的，本来打算拉到偏僻处深埋处理，看到悬赏便改了主意。

甚至有一位原本隐匿在秦淮河畔某处画舫的歌妓，趁着夜色，鼓起勇气，蒙面前来，声称自己月前从淮安逃难而来，途中曾染上怪病，高烧不退，身上起满红疹，昏厥数日，同行者皆以为她已死，但她竟奇迹般地硬挺了过来，只是身上留下了些许疤痕。她愿意贡献自己的血液，只求能救更多人，也为给自己积些阴德，寻个出路……

戚睿涵和李大坤几乎是来者不拒，一一亲自甄别。他们深知，在这些看似荒谬甚至危险的线索中，可能就藏着救世的希望。他们将有可能有用的病原体（病牛、死鼠、病猪）和那些自称的康复者，都一一编号、记录，然后小心翼翼地送往临时征用的、远离南京城居民区的一处废弃皇庄。这里被高墙环绕，地理位置相对偏僻，被迅速改造成了临时的“瘟疫研究所”和隔离区，由史可法调派的精锐兵马层层把守，许进不许出。

皇庄内外，气氛凝重得几乎能滴出水来。外围是持枪佩刀的兵士，面色冷峻，眼神中带着对墙内未知危险的警惕。内部，则是一片繁忙、压抑而又充满异样“生机”的景象。这里被划分为数个区域，界限分明。

李大坤是这里绝对的技术核心和精神支柱。他换上了一身用桐油反复浸泡过的粗布“防护服”，戴着厚厚的口罩和手套，几乎不眠不休地扑在被称为“实验室”的几间大瓦房里。这里原本是皇庄的库房，如今摆放着各种匪夷所思的物事：从太医院搬来的炼丹炉（被改造用于高温灭菌）、大大小小的瓷瓶、玉罐、铜盆、精细的秤具、滤网，还有临时找来的铁笼，里面关着用于实验的兔子、猴子，以及那些被征集来的病畜。

工作的过程充满了难以想象的困难和危险。李大坤指挥着太医院选拔出来的、胆大心细且自愿前来（部分也是被高额赏金和晋升承诺所吸引）的医师和学徒，按照戚睿涵转述的、结合他自身理科知识理解后的生物医学原理，进行着在这个时代看来如同巫术般骇人听闻的操作。

对于那头珍贵的病牛，李大坤亲自操作，用经过火焰灼烧消毒的小银刀，小心翼翼地刮取痘疮上的脓液和痂皮。他思考着如何通过反复接种到其他动物身上来“传代”，以减弱其毒性。他选择了看起来相对健康的牛犊，以及几只从南方运来的猴子（他认为猴子与人类更接近）。

过程绝非易事，剂量、接种部位（皮肤划痕）、动物的个体差异，都是未知数。第一批接种的猴子，有的毫无反应，有的却迅速病倒，高烧、出痘，几天内便奄奄一息，证明原始毒株的毒性依然太强，或者混杂了其他病原。每一次失败，都意味着宝贵时间的流逝和实验动物的死亡，也沉重地打击着团队的士气。李大坤只能强打精神，记录下每一个细节，调整方案，尝试用更稀释的痘浆，或者先在牛犊身上多传几代再看。

对那些死鼠和病猪的处理则更加危险。解剖是在一间单独、通风极差的石屋内进行，所有参与人员都包裹得严严实实。恶臭几乎能穿透厚厚的口罩。李大坤忍着强烈的生理不适，仔细检查老鼠肿大的淋巴结（疑似鼠疫的腹股沟淋巴结肿）、变色的内脏，以及病猪的肺部病变。他尝试用最干净的薄刃片取样，然后放在干净的玉片上，思考着如何“培养”这些看不见的“病原”。他用过肉汤，甚至尝试用鸡蛋（但保存不当很快腐败），效果都不理想。更多的是采用各种物理化学方法试图灭活或减弱它们——放在特制的小烘箱里用炭火低温长时间烘烤，置于烈日下暴晒，或者尝试用极低浓度